رهبر ایران یک روز پس از ترور محسن فخریزاده، معاون وزیر دفاع، در پیامی گفته که مسئولان باید اول عاملان و آمران ترور را مجازات کنند و بعد تلاشهای علمی او را ادامه دهند. در همین حال سازمان ملل و کشورهای اروپایی خواستار حفظ آرامش و خویشتنداری شدهاند.
آیتالله علی خامنهای تاکید کرده است: “دو موضوع مهم را همه دستاندرکاران باید به جد در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه بخشهایی که وی بدانها اشتغال داشت.”